| 한글제목(Korean Title) |
의존성 반영 분해모델에 의한 유전자의 핵심 프로모터 영역 예측 |
| 영문제목(English Title) |
Prediction of Core Promoter Region with Dependency-Reflecting Decomposition Model |
| 저자(Author) |
김기봉
박기정
공은배
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| 원문수록처(Citation) |
VOL 30 NO. 04 PP. 0379 ~ 0387 (2003. 04) |
한글내용
(Korean Abstract) |
다수의 미생물 유전체 프로젝트들이 완료되면서 엄청난 양의 유전체 핵산 염기서열 데이타들이 양산되고 있다. 이러한 상황에서 전산 기법을 이용하여 유전체 DNA 염기서열 상에서 유전자의 프로모터 영역을 규명하는 문제는 최근에 상당한 연구의 관심대상으로 떠오르고 있다. 본 논문에서는 전사조절의 핵심 역할을 하는 -10 영역과 전사개시 부위를 포함한 원핵생물의 핵심 프로모터 영역에 대한 의존성 반영 분해모델 (Dependency-Reflecting Decomposition Model)을 제안한다. 이 모델은 인접한 위치에 존재하는 핵산 염기들 사이의 의존성뿐만 아니라 인접하지 않은 위치의 핵산 염기들간의 의존성까지 고려함으로써 핵산 염기서열 상에 내포되어있는 중요한 생물학적 의존성들을 함축하고 있다. DRDM 모델은 우수한 성능평가 결과를 보였으며, 미생물 유전체 Contig들 상에서 임의의 유전자 프로모터를 예측하는데 효과적으로 이용될 수 있다.
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영문내용
(English Abstract) |
A lot of microbial genome projects have been completed to pour the enormous amount of genomic sequence data. In this context, the problem of identifying promoters in genomic DNA sequences by computational methods has attracted considerable research attention in recent years. In this paper, we propose a new model of prokaryotic core promoter region including the -10 region and transcription initiation site, that is, Dependency-Reflecting Decomposition Model (DRDM), which captures the most significant biological dependencies between positions (allowing for non-adjacent as well as adjacent dependencies). DRDM showed a good result of performance test and it will be employed effectively in predicting promoters in long microbial genomic Contigs., |
| 키워드(Keyword) |
유전체
전사조절
염기서열
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